隨著凍干技術與凍干機設備的日益完善，其在微生物、生物制品冷凍干燥保藏，可以不斷提高微生物保存的質量，延長其保存期限，進而對其質量加以控制。凍干機在生物制品冷凍干燥常見問題主要包括干縮現(xiàn)象、剩余水分不合格現(xiàn)象和噴瓶現(xiàn)象、溶解性差等問題。
1、剩余水分不合格現(xiàn)象
剩余水分不合格是由于解吸干燥的時間不夠，或微生物樣品達到允許的最高溫度后未恢復高真空。解決方法是延長解吸干燥的時間，并在產(chǎn)品達到允許的最高溫度后恢復高真空。
2、干縮現(xiàn)象
干縮現(xiàn)象是由于微生物樣品在升華干燥過程中，溫度超過了共晶點或崩解溫度，出現(xiàn)局部熔化，由液體蒸發(fā)為氣體，造成體積縮小，或者干燥產(chǎn)品溶入液體之中，造成體積縮小。解決方法是降低加熱溫度和提高凍干箱的真空度。
3、噴瓶現(xiàn)象
噴瓶現(xiàn)象是由于微生物樣品在預凍時，沒有完全凍實就抽真空的緣故。解決方法是適當延長預凍時間。
4、溶解性差的問題
產(chǎn)品干燥過程中發(fā)生局部濃縮，例如產(chǎn)品內部有夾心的硬塊，它是在升華中發(fā)生熔化，產(chǎn)生蒸發(fā)干燥濃縮造成的。解決方法是適當降低板層溫度，提高凍干箱的真空度或延長升華干燥的時間。
凍干酵母（制樣設備：TF-HFD-4小型凍干機）