冷凍干燥機預凍方式有2種：一種是冷凍干燥機的凍干箱內預凍法，另外一種是箱外預凍法。
1、箱內預凍法是直接把產品放置在凍干機內的多層擱板上，由冷凍干燥機的冷凍機來進行冷凍，大量的小瓶和安瓶進行凍干時為了進箱和出箱方便，一般把小瓶或安瓶分放在若干金屬盤內，再裝進箱子，為了改善熱傳遞。有些金屬盤制成可抽活底式，進箱時把底抽走，讓小瓶直接與凍干箱的金屬板接觸；對于不可抽底的盤子，要求盤底平整，以獲得產品的均一性。采用旋凍法的大血漿瓶要事先凍好后加上導熱用的金屬架后再進箱進行冷凍。
2、箱外預凍法有兩種方法。有些冷凍干燥機沒有進行預凍產品的裝置，只能利用低溫冰箱或低溫冷庫來進行預凍。另一種是專用的旋凍器，它可把大瓶的產品邊旋轉邊冷凍成殼狀結構，然后再進入冷凍干燥機設備的凍干箱內進行下一步的凍干。
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